گوست آف سوشیما داستان حمله مغولها به ژاپن در اواخر قرن 13 را روایت میکند و شما را در نقش یک سامورایی باشرافت به نام جین ساکای قرار میدهد.
جین به کمک عموی خود یعنی لرد شیمورا، یکی از سران جزیره سوشیما، و ارتش ساموراییاش سعی میکنند مغولها را شکست دهند و از زادگاهشان بیرون کنند.